통진고등학교 학생자치회는 정규,자율동아리중 어느쪽에도 속하지 않는 특수한 클럽으로 교칙10장에 따라 학교에 필요한 업무를 담당하는 모임이다.
나루제 체육대회, 나루제 예술제 등 큰 학교 행사가 있을 때마다 동원되어 행사 운영을 보조한다.
추가바람
2018년 2학기에 당선된 학생회장의 공약으로 학생자치회에서 신설한 통진고등학교전용 카카오톡 플러스친구이다. 유용한 학교 규정및 시험, 예술제등 특별한 날의 일정을 알리거나 학생회에 건의사항을 제시하는 기능을 가지고 있다.